水路交通主要的海港有外高桥、吴淞码头和洋山深水港。

截至2006年底，上海港海港港区拥有各类码头泊位1140个，其中万吨级以上生产泊位171个，码头线总长为91.6公里。按照码头使用性质分类：公用码头泊位175个，码头线长度为24.6公里，其中生产泊位121个，码头线长度为22.2公里，年货物吞吐能力17051万吨；货主专用码头泊位965个，码头线长度为67公里，其中生产泊位495个，码头线长度为38.2公里。上海港内河港区有码头泊位818个，最大靠泊能力3000吨级。集装箱吞吐量中，内支线集装箱量202.6万标准箱，国际中转箱78.5万标准箱，内贸集装箱吞吐量313.7万标准箱。截止2006年底，上海港集装箱班轮航班达到每月2106班，其中，远洋航线498班，近洋航线535班，内支线794班，内贸航线每月279班。

主要区位因素：上海港是长江三角洲上的一个河口港，可以兼作海港，主要港区沿黄浦江分布。三角洲地势平坦开阔，为港口设备、建筑，以及上海市进行合理的平面布置提供了有利条件，长江和黄浦江一方面为港口提供淡水，另一方面保证了船舶入港的宽度和大量船舶抛锚的空间。

上海港2013年前五个月共处理了1270万个20柜，而其对手新加坡的箱量为1210万个20柜。

由于越来越多生产商在劳动力成本低廉的中国西部及内陆设厂，上海预计未来五年的吞吐量年均增速将在10%左右。陈戌源表示，西部及内陆地区制造业产量增加将惠及上海，长三角地区将会继续成为中国经济增长的火车头。

截至2018年12月，上海已拥有包括地铁、轻轨、磁悬浮及有轨电车等轨道交通线路共16条，运营里程共705千米（含磁浮线29千米），运营里程居全国第一位，已形成初步的网络格局。 [63] 

上海地铁于20世纪90年代初正式营运，是中国大陆地区继北京、天津地铁建成通车后建造的第三个城市轨道交通系统。 [64] 截至2018年12月，上海地铁运营线路共16条，共设车站415座（含磁浮线2座），运营里程共705千米（含磁浮线29千米），运营规模居世界第一。 [65]  2017年，上海地铁日均客运量969.3万人次，总客运量达到35.38亿人次。 [66]  是世界上地铁最繁忙的城市之一。地铁线路将中心城区密集覆盖，并连接了大多数区县。